Durante los últimos dos siglos siete magos elegidos han entrado en combate a muerte en una batalla para obtener el Santo Grial, un cáliz legendario capaz de conceder cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial han ocurrido cada sesenta años, la más reciente habiendo acabado hace diez años, pero la quinta guerra comienza prematuramente Hace diez años, Shiro Emiya queda atrapado en un enorme incendio que consume una gran porción de la ciudad. Shiro sueña con ser [Héroe de la Justicia]. un hombre adopta a Emiya Shiro el cual le enseña las artes de la hechiseria. Cuando su padrastro muere, shiro intenta cumplir el sueño de el.
Una noche, después de limpiar el dojo de arquería de la escuela, Shiro descubre a dos sirvientes, Archer y Lancer, peleando en el patio. Para evitar exponer el hecho de la existencia de la guerra, Lancer persigue y lo mata, una estudiante lo revive y ahora s encuentra envuelto en la batalla por el santo grial con ayuda de su nuevo sirviente Saber quien tras su fuerza de valor aparece para protegerlo.