Ya han pasado unos años desde la explosión en la "Puerta del Cielo", el mayor desastre conocido por la humanidad. En referencia a la fecha en la que ocurrió (10-10), el suceso fue llamado "Twin X". Desde entonces, un extraño cambio en el magnetismo de la Tierra hizo que dejaran de funcionar todos los aparatos electrónicos.

La tierra se vio cubierta por un "Cielo Protector", un cielo resplandeciente de luz y color, parecido a la aurora boreal. La Humanidad entró en una nueva era, donde las máquinas no funcionan y dependen de sí mismos para sobrevivir. La Era de la Tecnológía ha terminado.

Los hijos del hombre responsable de "Twin X", el profesor Enkidu, Tatsuya y Kiyoko viven solos y perseguidos debido a las enormes deudas que dejó su madre. Un día que huían de sus deudores, encuentran a un misterioso grupo en una casa abandonada, que les protegerán de sus perseguidores y les ofrecerán unirse a ellos para enfrentarse al mal que se extiende por el mundo. Ellos son Gilgamesh, los secuaces de Enkidu.

Sin embargo, acabarán en manos de la Condesa de Werdenberg, que asume su deuda, obligándoles a luchar contra Gilgamesh y Enkidu.